Сергей Васильевич Пузицкий родился в 1895 году в г.Ломжа Привислинского края (Польша) в семье учителя. Его отец происходил из крестьян Смоленской губернии и был широкообразованным человеком. Многие годы преподавал во 2-й Московской мужской гимназии. Автор книг и статей по русской литературе и истории.
В 1912 году после окончания Егорьевской гимназии С.В.Пузицкий поступил на юридический факультет Московского университета. С началом 1-й мировой войны был призван в армию и направлен в Александровское военное училище, по окончании которого назначается прапорщиком дивизиона тяжелой артиллерии в Измайлове.
В 1917 году встал на сторону революции. Был избран членом солдатского комитета дивизии.
В марте 1918 года С.В.Пузицкого как военного специалиста направляют в штаб Московского военного округа на должность заведующего артиллеристской частью, а в ноябре того же года назначают следователем Революционного трибунала республики. В этой должности он неоднократно выезжает на Восточный и Юго-Западный фронты для инспектирования военных трибуналов. Одновременно в 1919 году он оканчивает юридический факультет Московского университета.
В мае 1920 года постановлением Совета труда и обороны С.В.Пузицкий, продолжая руководить следственным отделом Ревтрибунала, зачисляется в состав ВЧК сотрудником резерва Административного отдела.
В 1921-1922 годах он — начальник 16 специального отделения Особого отдела ВЧК, а с 1923 года - помощник начальника Контрразведывательного отдела ОГПУ. В нем он проработал до 1935 года. Принимал участие в аресте английского разведчика С.Рейли (операция "Трест").
С.В. Пузицкий — активный участник операции "Синдикат-2", которая завершилась в 1924 году задержанием и арестом руководителя антисоветской организации "Союз защиты Родины и свободы" Б.Савинкова.
По личному указанию Ф.Э.Дзержинского С.В.Пузицкий создал легендированную организацию сторонников Савинкова. Летом 1924 года в Москву приехал его эмиссар, эсер Фомичев, который должен был проинспектировать эту организацию. На инсценированном Сергеем Васильевичем собрании его участники убедили Фомичёва в необходимости приезда в Москву Б.Савинкова для руководства. Эта мысль была доведена до сведения руководителя "Союза защиты Родины и свободы" другим участником операции "Синдикат-2", чекистом Федоровым, который специально выезжал с Фомичевым в Париж.
В августе 1924 года Б.Савинков прибыл в Минск, где его встретил и разместил на квартире чекиста Ф.Медведя С.В.Пузицкий. Он же руководил операцией по аресту террориста.
За проявленные мужество и героизм в этой операции С.В.Пузицкий в 1924 году награжден орденом Красного Знамени.
Он непосредственный участник и другой операции чекистов "Заморские" по аресту генерала Кутепова.
В январе 1928 года С.В.Пузицкий был командирован вместе с чекистом Г.Сыроежкиным в Якутию для ликвидации белогвардейского движения.
В 1930 году был повышен в должности до заместителя начальника Особого отдела ОГПУ.
В 1931 году С.В.Пузицкого назначают заместителем Полномочного представителя ОГПУ в Северо-Кавказском крае.
В 1935 году ему было присвоено звание Комиссара госбезопасности 3-го ранга, что соответствовало воинскому званию генерал-майор.
С 1935 по 1937 год С.В.Пузицкий работал комиссаром строительства канала Волга-Москва в г.Дмитрове.
В 1937 году по ложному обвинению в принадлежности к "троцкистско-зиновьевскому блоку" он был осужден Особым совещанием и приговорен к расстрелу.
Реабилитирован посмертно в 1956 году в связи с отсутствием состава преступления.
За большие заслуги в деле обеспечения государственной безопасности С.В.Пузицкий награжден орденом Красного Знамени, двумя знаками "Почетный чекист", а также золотым оружием с надписью "С.В.Пузицкому. За беспощадную борьбу с контрреволюцией. Ф.Дзержинский".