Василий Иванович Пудин родился в феврале 1901 года в д.Клусово Московской области в крестьянской семье. Трудовую деятельность начал в пятнадцать лет батраком. В 1919 году поступил добровольцем в Красную Армию, участник Гражданской войны.
В 1921 году В.И.Пудин был направлен Московским горкомом партии на работу в Московскую ЧК. Вместе с другим известным чекистом Г.Сыроежкиным участвовал в задержании и аресте эмиссара Б.Савинкова полковника Павловского (операция "Синдикат-2"). При этом выступал в роли "боевика" легендированной чекистами подпольной антисоветской организации "Либеральные демократы".
В 1923 году А.Х.Артузов, который в то время был начальником одного из отделов ОГПУ, пригласил к себе в кабинет молодого чекиста В.И.Пудина и поставил перед ним новые задачи. На этот раз ему предстояло поехать в Харбин под фамилией В.И.Шилова, чтобы наладить работу против белогвардейцев и их японских покровителей.
В Харбине В.И.Пудин установил обширные связи в кругах антисоветской эмиграции, приобрел ценную агентуру. Однако проникнуть в секреты японцев через приобретенные каналы было непросто. Обычные разведывательные приемы не годились в силу того, что японцы с предубеждением относились ко всем европейцам, особенно к русским. И все-таки В.И.Пудину удалось подобрать ключ к японским секретам.
В процессе работы он пришел к выводу о том, что японские чиновники и военные, несмотря на занимаемое ими по службе положение, в целом гораздо менее обеспечены, чем их европейские коллеги, и ищут дополнительный источник дохода. Кроме того, они считают, что японский язык недоступен для понимания европейцев и в этой связи готовы поделиться с разведчиком японскими шифрами в расчете на то, что все равно никто не сможет понять текста шифротелеграмм.
За время работы в Китае и других странах В.И.Пудин через агентуру и путем личных негласных выемок добыл сотни ценных секретных документов, получил около 20 японских и китайских шифров.
В 1932 году он переводится на работу в ИНО ОГПУ (внешняя разведка). Выезжает в Монголию, где участвует в разгроме инспирированного японцами ламского мятежа. Затем, после работы в центральном аппарате разведки, был командирован в Болгарию, где работал заместителем резидента.
Использую приобретенный опыт по получению иностранных шифров, В.И.Пудин накануне войны завербовал в Софии крупного японского дипломата, от которого были получены шифры МИД этой страны. Их ценность заключалась в том, что Москва получила возможность читать секретную переписку между японским и германским МИД в первые военные годы и быть в курсе их планов в отношении СССР.
С началом войны В.И.Пудин был направлен руководителем диверсионной группы в Белоруссию. Был серьезно ранен и после лечения остался на подпольной работе. Поддерживал постоянную связь с белорусскими партизанами, которых снабжал разведывательными данными.
После войны В.И.Пудин работал заместителем начальника управления внешней разведки. Неоднократно выезжал за границу для выполнения специальных заданий. В 1952 году вышел в отставку по состоянию здоровья. Написал ряд книг о подвигах разведчиков.
В 1974 году В.И.Пудин скончался.
За большие заслуги в деле обеспечения государственной безопасности и проявленные мужество и героизм награжден двумя орденами Ленина, двумя орденами Красного Знамени, орденом Отечественной войны и многими медалями. Ему также был вручен нагрудный знак "Почетный сотрудник органов безопасности".